يعمل الـ (PCR) المُعدل تمامًا مثل الـ (PCR) العادي، مع اختلاف رئيسيّ واحدٍ، وهو إضافة نيوكليوتيدات معدلة تسمى dideoxyribonucleotides) ddNTPs). حيث يتم خلط نسبة منخفضة من (ddNTPs) مع النيوكليوتيدات العادية. وتفتقر الـ (ddNTPs) إلى مجموعة وظيفية مطلوبة لتكوين روابط بين النيوكليوتيدات؛ لذلك، عندما يتصادف الـ (DNA) بوليميراز مع (ddNTP) بشكل عشوائي، يتوقف تمديد السلسلة عند هذه النقطة. ونتيجة ذلك هي ملايين من قطع الـ (DNA) التي توقف تمديدها عند (ddNTPs) بصورة عشوائية مما يجعلها مختلفةً في الحجم. ويسمح ذلك بمعرفة الـ(ddNTP) التي توقفت عندها السلسلة، وبالتالي معرفة تسلسل النيوكليوتيدات من خلال فصل النيوكليوتيدات على أساس الحجم باستخدام الجل الكهربائي. وكذلك تحليل الجل، وتحديد تسلسل الحمض النووي. ويُمكننا أيضًا التغلب على ذلك باستخدام (ddNTPs) مع أصباغ فلورية. فكل (ddNTP) فلوري يصدر  الضوء على طول موجي مختلف، مما يسمح باكتشاف تسلسل الـ (DNA) بسهولة أكبر.

قيود:

١.يمكن لتسلسل (Sanger) الكشف عن تسلسل قطعٍ قصيرةٍ فقط من الـ (DNA) - حوالي(300 إلى 1000) زوجٍ أساسيّ.

٢. إن تسلسل (Sanger) بحاجة إلى كمياتٍ كبيرةٍ من الحمض النووي.

٣. إن تسلسل (Sanger) غير قادرٍ على الكشف عن الانحرافات الكروموسومية.